Durch die Verflechtungen, die man Emden mit der Seeräuberei unterstellte, war die Stadt mehrfach das Ziel von Besetzungen durch die Hamburger, die offenbar aber auch andere Interessen verfolgten.  So geriet Emden zweimal für sechs Jahre unter eine hamburgische Verwaltung. 

1453 wurde die Stadt an Ulrich Cirksena übergeben, der Emden als die natürliche Hauptstadt von Ostfriesland sah. Unter ihm entwickelte sich die Stadt durch eine Anzahl von Bauten am Delft und den Ausbau des Stadthafens schnell weiter. 

Auf dem Gebiet der alten Abdena-Burg aus dem 14. Jhdt.  ließ er für sich und seine Nachfolger 1458 ein Schloss erbauen, das für die Cirksenas nun den neuen Wohnsitz darstellte, bis Graf Edzard II. 1562 seine Residenz nach Aurich verlegte. 

Edzard II. kam aber 1580 noch einmal zurück und ließ die Schlossanlage "Ulrichsburg" durch einen zusätzlichen Turm erweitern. Nach der so genannten "Emder Revolution" von 1595, (Streitigkeiten zwischen Edzard II. und den Ständen, dem Kirchenrat und der Bürgerschaft) wurden die Festungswerke zum Teil abgebrochen und die Kanonen demontiert.

Emden erhielt von da an eine Selbstverwaltung und Edzard verlegte seine Residenz von nun an endgültig nach Aurich.

Unter der Graf Enno III begann 1613 der Bau eines neuen Schlosses, der "Nye Borch". Dieses Bauwerk (sh. Zeichnung) erhielt als besondere Zierde zwei Türme. Beide Burgen wurden durch eine zweistöckigen Flügel miteinander verbunden.

Die Burganlage wurde wie viele anderen in Ostfriesland im Jahre 1775 von der preußischen Regierung abgebrochen.

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